按照《江苏省生物多样性保护战略与行动计划》，2018年起，连云港市东海县、灌云县、灌南县和市区，先后分别委托南京晓庄学院应用生态研究所、生态环境部南京环境科学研究所、南京大学环境规划院，分区域开展生物多样性本底调查工作，截止目前，调查工作全部结束，形成全市生物多样性本底调查成果。

本次共调查到全市物种3673种（含变种、变型、栽培品种），其中维管植物1363种（包括陆生和水生维管植物）、陆生脊椎动物367种（包括两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物）、陆生昆虫720种（包括蝴蝶和其他昆虫）、淡水水生生物878种（包括鱼类、底栖动物和浮游动植物）、海洋生物386种（包括游泳动物、海洋底栖动物、潮间带底栖动物和海洋浮游动植物）。

其中包括国家重点保护野生动植物93种，包括赤松、乌龟、震旦鸦雀、半蹼鹬、豹猫、松江鲈等；《中国物种红色名录》及IUCN收录的濒危物种74种，包括极危物种黄胸鹀、白鹤等，濒危物种鳗鲡、东方白鹳等，易危物种全缘贯众、长苞谷精草、仙八色鸫、红头潜鸭等，近危物种骨碎补、黑斑侧褶蛙、蛎鹬等。但有26种为外来入侵物种，其中维管植物20种，两栖动物1种、爬行动物1种、昆虫2种、底栖动物2种。

经过调查和成果集成发现：（1）连云港是江苏生物多样性丰富度最高的地区之一，也是最具代表性的地区之一。（2）连云港滨海湿地及内陆湖库是水鸟重要的栖息地，其重要程度已达国际重要湿地的标准。（3）连云港前三岛等基岩海岛具有重要的生态功能。这些成果的取得，既得益于连云港境内海洋、海岛、高山、平原俱备的地貌和生境，也归功于该市生态保护红线的划定，《连云港市滨海湿地保护条例》等一系列管理办法的出台，以及打好污染防治攻坚战的不断深入，这是生态环境变好的生动写照，也反映出连云港近年在山水林田湖草沙综合治理方面取得的显著成效。